Le musée est installé dans un monastère de l’ordre de la Merced Calzada de la Asunción fondé au XIIIe siècle sous le règne de Ferdinand III de Castille mais reconstruit à partir de 1603.
L’église fut terminée en 1612, tandis que les bâtiments conventuels furent achevés au cours des cinquante années suivantes. Nombre de tableaux furent alors commandés à des artistes de renom, dont Zurbarán, qui peignit alors une série de chefs-d’œuvre.
Le monument se distingue par une architecture mêlant le maniérisme dans le style de Juan de Herrera (lignes droites, volumes cubiques, simplicité des formes, pinacles) aux premières influences baroques.
L’intérieur s’ordonne autour de plusieurs cloîtres et patios.
La pièce la plus spectaculaire est l’église conventuelle, surmontée d’une haute voûte en berceau ornée de peintures en 1724.
Les deux étages des bâtiments sont reliés par un monumental escalier de style maniériste.
L’église Santa Maria la Bianca est une ancienne synagogue. Elle fut transformée en église à partir de 1391, date où commencèrent, à Séville, les massacres et conversions forcées des Juifs qui allaient s’étendre à une grande partie de la Castille puis de l’Aragon.
L’église se distingue par ses voûtes complètement recouvertes de stucs baroques.
Un peu plus loin, le quartier du centre, situé autour de l’Ayuntamiento, révèle de belles façades, tandis que l’église de la Magdalena se signale par ses peintures extérieures et sa toiture en tuiles vernissées multicolores.
L’église de la Magdalena est l’œuvre de l’architecte Leonardo de Figueroa (1650-1730), également auteur du palais de San Telmo, de l’hôpital des Vénérables et de la nouvelle façade de l’hôpital de la Sainte-Charité.