La basilique est dédiée à l’évêque Eustorge (344-350) qui fut à l’origine de la translation, en 344, des reliques des Rois Mages de Constantinople à Milan.
L’église primitive fut édifiée à l’extérieur de l’enceinte romaine, sur le terrain d’un cimetière. Reconstruite en style roman au XIe siècle, elle fut confiée au XIIIe siècle aux Dominicains qui la modifièrent profondément. La décoration des chapelles latérales sud date des XIVe et XVe siècles.
Derrière l’abside s’élève la chapelle Portinari : réalisée entre 1462 et 1468 elle constitue l’un des exemples les plus célèbres de la Renaissance lombarde.
La seule partie qui subsiste de la construction d’époque romane est l’abside, derrière l’autel. Quelques chapiteaux anciens ont cependant été réutilisés dans la partie droite de la nef.
La décoration des chapelles latérales sud a été réalisée aux XIVe et XVe siècles par de grandes familles milanaises qui y ont édifié des tombeaux et les ont ornées de fresques.
Les Portinari sont une famille de banquiers, fondateurs, en 1452, de la banque Médicis et représentants des Médicis dans le duché de Milan.
Leur chapelle est à la fois un mausolée familial - le fondateur y sera enseveli en 1468 - et le lieu du tombeau d’un saint vénéré des Milanais, saint Pierre martyr.
La chapelle est ornée d’un cycle de fresques du peintre Vincenzo Foppa (environ 1427-1515) artiste confirmé de la Renaissance milanaise. Les fresques représentent des scènes de la vie de saint Pierre martyr.
Le tombeau de Pierre est une sculpture en marbre de Giovanni di Balduccio, disciple, au XIVe siècle, de Giovanni Pisano : elle est considérée comme un chef d’œuvre de l’art gothique lombard.
La basilique se trouve dans un quartier d’anciens canaux ou Navigli qui desservaient Milan et sa région.