En 884, Alphonse III, roi des Asturies et León tente de freiner l’avance des musulmans et ordonne la création d’une ville sur les bords du Rio Arlanzón, un affluent du Rio Duero. Il en confie la fondation au comte Diego Rodríguez Porcelos. L’origine de Burgos est donc militaire. La cité fut peuplée par ordonnance royale et soumise directement à l’autorité des rois du León. Elle fut capitale du comté de Castille. En 1037, Burgos devint capitale du royaume unifié de Castille et León, titre qu’elle céda à Valladolid en 1492, au moment de la chute de Grenade.
À la fin du Moyen Âge, la cité qui centralise la laine de toute sa région est un important centre commercial. Des architectes et des sculpteurs venus de France, puis de l’Europe du nord font de Burgos une capitale de l’art gothique en Espagne : ils édifient la cathédrale Santa Maria, le monastère royal de Las Huelgas et la Chartreuse de Miraflores.
À partir du XVIe siècle, la cité décline : son rôle politique a disparu tandis que l’élevage des moutons a perdu de l’importance.
Au moment de la Guerre d’Espagne (1936-1939), Burgos est le siège du gouvernement nationaliste du général Franco et le demeure jusqu’à la prise de Madrid en mars 1939.
Burgos est liée à l’histoire de Diego Diaz de Vivar, El Cid, né en 1043 à quelques kilomètres au nord de la ville et dont les restes furent déposés en 1102 au monastère San Pedro de Cardeña avant d’être ramenés à la cathédrale de Burgos.
À quelques dizaines de kilomètres au sud de Burgos, Aranda de Duero est la seconde ville de la province de Burgos.
La porte Sainte Marie, Arco de Santa Maria, est une porte monumentale des murailles du XIVe siècle ; sa façade fut modifiée au XVIe siècle, afin de la transformer en arc de triomphe pour l’empereur Charles Quint. Elle réunit les grandes figures de Burgos autour de l’empereur.
La cathédrale de Burgos fut construite en deux temps, correspondant à deux styles gothiques différents :
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